新中国建立后，1950年 7月 7日，学校颁布在由校务委员会主任委员吴有训、副主任委员陈石英联合署名的809号行文中称，“兹经本校校务委员会第52次会议通过本校校旗式样”。这次通过的校旗是以正红色为底色，横置长方形，正面左上方为一颗金黄色五角星，五角星右侧斜下方置交大校徽图样；在正面的右下方则缀正方体的“交大”二字。寓意在党和国家的领导下，交大一定能够弦诵不绝、学门昌达（见图三）。

同年12月23日，学校接华东军政委员会教育部《为通知关于中央指示各级校馆旗帜式样的规定》（第008724号）。文件对各级校馆旗帜式样作出规定：“各级校馆旗帜不必强求统一，其式样应采用特种形式，或用特种颜色，或用特种标志，只要容易识别即可，不必作硬性统一规定。各级校馆旗帜的幅度，可参照国旗尺寸制定，但不得大于国旗，更不必按校馆等级加以区分，又校馆旗帜图案，注意不要与国旗、军旗混通”。按照文件精神，当年学校所设计的校旗较为符合此一要求。然而1952年 9月29日，学校又接教育部《关于各级学校校旗、证章式样的原则规定》，其中指出，“各级学校不必制定校徽；校旗只需用简单颜色，表明校名即可，不必另加图样”。据此文件精神，前面所设计的交大旗帜则不能使用了，取而代之的则为红色底面加校名的校旗，其文字原为毛体的“交通大学”，